Nach der Säkularisierung der Klöster wurden schließlich auf breiterer Basis Armenanstalten errichtet, doch erst um 1800 gelang es dem städtischen Archivar Ferdinand Weiß, das Armenwesen in Freiburg völlig neu zu organisieren. Er vereinigte die einzelnen Stiftungen, zu diesem Zeitpunkt über 100, in einer Verwaltung: Die Idee der "Stiftungsverwaltung" war geboren. Zwar bestanden die verschiedenen Stiftungen nach wie vor und ihre rechtliche und wirtschaftliche Selbständigkeit blieb unangetastet. Aber die Verwendung der einzelnen Mittel wurde, ihrem Stiftungszweck entsprechend, von nun an durch diese Stiftungsverwaltung organisiert.
Ferdinand Weiß, der Gründer der Stiftungsverwaltung Freiburg, starb 1822. Im Laufe der Jahre veränderte sich das Armenwesen in der Stadt. Mit der Industrialisierung wuchs die Bevölkerung und damit auch die Not. Bis 1930 wurden von der "Allgemeinen Stiftungsverwaltung" 86 Einzelstiftungen betreut, die im Laufe der Zeit allerdings immer mehr konzentriert wurden. Die Währungsreformen taten ihr übriges, so dass nur die Stiftungen fortbestehen konnten, die über Grundbesitz verfügten.
Heute zählen zur Stiftungsverwaltung Freiburg nur noch sechs kommunale Stiftungen. Mit den Einrichtungen und Programmen in der Altenhilfe, der Kinder- und Jugendhilfe sowie mit der Promotions- und Ausbildungsförderung zählt die Stiftungsverwaltung zu den größten Trägern sozialer Einrichtungen und Fördermaßnahmen in Freiburg. Die Stiftungen beschäftigen insgesamt ca. 640 Mitarbeitende.